Issei Sagawa dilahirkan pada 26 April 1949 di Kobe, Wilayah Hyogo, kepada ibu bapa kaya. Ayah Sagawa, Akira Sagawa, adalah seorang ahli perniagaan yang pernah bertugas sebagai presiden Kurita Water Industries, dan datuknya pernah menjadi editor untuk The Asahi Shimbun. Sagawa dilahirkan pramasa dan dilaporkan cukup kecil sehingga dapat muat dalam tapak tangan ayahnya, dan segera menghidap enteritis, penyakit usus kecil. Sagawa akhirnya pulih setelah beberapa suntikan kalium dan kalsium dalam salina.[2] Kesihatan Sagawa yang rapuh dan keperibadian introvertnya menyebabkan dia mengembang minat yang kuat terhadap kesusasteraan. Sagawa bersekolah di Kamakura, Wilayah Kanagawa, di mana dia pertama kali mengalami keinginan kanibalistik ketika darjah satu, setelah melihat paha lelaki.[3] Dalam temu bual 2011 dengan Vice, Sagawa melaporkan bahawa sebagai belia, dia mengambil bahagian dalam zoofilia dengan anjingnya dan mengalami keinginan kanibalistik untuk wanita.[4] Sagawa menghadiri Universiti Wako dan menyelesaikan ijazah sarjana dalam Kesusasteraan Inggeris di Universiti Kwansei Gakuin.

Pada usia 24 tahun, ketika menghadiri Universiti Wako di Tokyo, Sagawa mengikuti seorang wanita Jerman tinggi sehingga ke rumahnya, kemudian menceroboh ke dalam kediamannya ketika dia sedang tidur. Niat Sagawa adalah untuk memakannya dengan memotong sebahagian punggungnya dan menyelinap dengan sebahagian kecil dagingnya, tetapi dia terbangun dan, Sagawa mendakwa, menolaknya ke tanah. Sagawa ditangkap oleh polis dan didakwa atas percubaan merogol, dan tidak mengaku niat sebenarnya kepada pihak berkuasa.[4] Tuduhan percubaan merogol Sagawa dijatuhkan apabila ayahnya membayar peruntukan kepada mangsa.

Pada tahun 1977, pada usia 27 tahun, Sagawa pergi ke Perancis untuk melanjutkan pelajaran ke peringkat Ph.D. dalam kesusasteraan di Sorbonne di Paris.[2] Sagawa mengatakan bahawa ketika tinggal di Paris, "Hampir setiap malam saya akan membawa pulang seorang pelacur dan kemudian mencuba untuk menembak mereka, tetapi tanpa sebarang sebab, jari saya membeku dan saya tidak dapat menarik picunya."[3]